La laguna di Venezia è un ambiente «umido» di notevole importanza dal punto di vista naturalistico, per la ricchezza della flora e della fauna, e per la presenza di un numero elevato di biotopi; ma è anche un ambiente fortemente antropizzato, ricco di opere e testimonianze storiche.
La città è composta da piccole cellule urbanistiche, un insieme di circa 125 insulae abitate, separate da canali e collegate da ponti, tanto da poterle identificare come un'unica concentrazione all'interno dell'arcipelago di terre affioranti. Quasi ogni cellula è dotata di infrastrutture elementari ed essenziali alla vita della comunità residente. A differenza delle altre città medievali di terraferma, che posseggono un solo nucleo centrale, Venezia ha invece al suo interno una pluralità di centri, anche se alcuni di essi si differenziano per la rilevanza delle funzioni insediatevi. All'esterno la città rappresenta il baricentro degli altri nuclei lagunari.

Venezia, Rio della Misericordia

La struttura urbana di Venezia, ma anche quella di Chioggia e di altri insediamenti storici lagunari, è caratterizzata da una doppia transitabilità: una per via acquea, rappresentata dai canali e rii, e una pedonale, organizzata secondo diverse configurazioni e utilizzazioni. Al di fuori degli insediamenti urbani il termine «canale» indica i percorsi lagunari naturali navigabili, segnati da pali chiamati «bricole». All'interno della città si contano solo sei «canali» (Canal Grande, Canale della Giudecca, Canal de Cannaregio, Canal de S. Piero, Canale de le Galeazze, Canale della Scomenzera); mentre tutte le altre 172 vie d'acqua sono chiamate «rii». Il principale e più famoso canale che attraversa Venezia è il Canal Grande, definito come la «strada più bella del mondo», su cui si affacciano i palazzi, le chiese e gli edifici tra i più prestigiosi della città; a forma di S rovesciata, è lungo circa 4 Km, di larghezza variabile tra i 30 e i 70 metri e profondo mediamente 5 metri. Un tempo era la principale via commerciale navigabile interna alla città, che metteva in comunicazione il bacino di San Marco, considerato il vero porto di Venezia, con le case-fondaco situate lungo le sue rive e con l'area propriamente commerciale di Rialto.

I percorsi pedonali si articolano in «fondamente» (i tratti che costeggiano i canali e i rii della città), «calli», «sottoporteghi», ponti e «campi». Questi ultimi fungevano da centri delle innumerevoli cellule urbane, ed erano dotati di sistemi di raccolta, filtraggio e conservazione delle acque meteoriche, per consentire agli abitanti l'approvvigionamento idrico, tramite un pozzo centrale che attingeva al serbatoio sottostante. L'unica Piazza della città è quella di San Marco, sulla quale si affacciano la Basilica e le Procuratie, affiancata dalla Piazzetta, tra il Palazzo Ducale e la Libreria Marciana, che con le due imponenti colonne, del Leone e del Todaro, si apre come un ingresso monumentale sul bacino di San Marco. La città di Venezia è divisa fin dalle sue origini in «sestieri», corrispondenti ai quartieri delle altre città. Il centro amministrativo, politico e religioso della città era l'area Marciana, dove si concentrano i più importanti edifici e monumenti architettonici che custodiscono i simboli e le testimonianze più significative della storia della Repubblica veneziana. Le funzioni religiose sono tutt'ora concentrate nella Basilica di San Marco. La sede del potere politico era rappresentata dal Palazzo Ducale, mentre le funzioni amministrative erano insediate nelle Procuratie Vecchie. Le attività della Zecca erano ospitate nell'omonimo palazzo, così come le funzioni doganali erano svolte nella Dogana da Mar sulla punta della Salute.   
L'area di Rialto rappresentava il centro commerciale, finanziario e assicurativo della città, mentre l'Arsenale era il luogo della potenza militare e marittima della Serenissima Repubblica, centro dell'industria navale veneziana sin dal XII secolo, dove si progettavano, si costruivano e si equipaggiavano le navi della flotta militare, ma anche quelle commerciali. L'arsenale è considerato il più importante complesso produttivo a struttura accentrata dell'economia preindustriale. Al suo interno lavoravano le maestranze più specializzate nelle costruzioni navali. Vi si applicavano sistemi di lavoro paragonabili ai moderni metodi organizzativi della «catena di montaggio».